Можно ли в запросе , в качестве источника данных, использовать таблицу значений?

Да. Это можно сделать с помощью временных таблиц:

// Сначала помещаем ТЗ во временную таблицу
Запрос = Новый Запрос ;
Запрос .МенеджерВременныхТаблиц = Новый МенеджерВременныхТаблиц;
Запрос .Текст = "ВЫБРАТЬ * ПОМЕСТИТЬ ТЗ ИЗ &ТЗ КАК ТЗ";
Запрос .УстановитьПараметр("ТЗ", ТЗ);
Запрос .Выполнить();

// Теперь ТЗ можно использовать в запросе :
Запрос .Текст = "
|ВЫБРАТЬ
| ТЗ.Номенклатура,
| Остатки.КоличествоОстаток
|ИЗ
| ТЗ
| ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ
| РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.Остатки() КАК Остатки
| ПО
| ТЗ.Номенклатура=Остатки.Номенклатура";

Выборка = Запрос .Выполнить().Выбрать();